В XX веке в научных кругах начинает всё чаще звучать понятие «экология», поскольку стало очевидным отрицательное влияние человека на природу. Правительство начинает разрабатывать меры по сохранению и защите окружающей среды, в том числе и уникального озера Байкал. Это привело к мысли о создании в Республике Бурятия центра по экологическому просвещению. И таким центром стал совершенно новый для того времени, построенный по оригинальному проекту Музей природы Бурятии.

Как же создавалась экспозиция музея? Сначала появилась идея, затем было принято решение на уровне Правительства Бурятии, Министерства культуры СССР и Бурятской АССР. На этой основе была создана творческая группа сотрудников Научно-исследовательского института культуры (Москва), сотрудников будущего музея и других специалистов.

Команда по созданию музея начала изучение научной литературы, проводить многочисленные экспедиции по сбору материалов для пополнения фондов. Помимо этого, была разработана научная концепция музея и её архитектурно-художественное решение. Музей было решено разместить в здании по улице Ленина, 46. Это здание было построено в 1916 году для Общественных собраний и является памятником архитектуры Федерального значения.

В 1976 году после одобрения проекта нового музея начались работы по его воплощению.