Архитектурно-художественным проектом экспозиции нового музея занималась команда бурятских и московских художников. Также большое участие принимали фотографы Объединения Музеев – Г.Я. Егерь, С.А. Сыдорычев, Е.А. Елаев. В создании экспозиции первоначально предполагалось применение сплошных черно-белых фотографий для задников в диорамах и биогруппах с целью достоверности объектов природы и создания эффекта пространства. После очередного обсуждения проекта было решено привлечь местных художников для выполнения живописных задников диорам в цвете. Так были написаны картины-задники заслуженными художниками Бурятии: «Степь» – Э.Р. Аюшеев, «Луга и болота» – Т.М. Рудь, «Ерниковые лиственничники» – М.З. Олейников, «Прибайкальская тайга» – А.Б. Дульбеев, «Восточный Саян» – Ч.Б. Шенхоров.

Ещё одним оживляющим экспозицию решением было создание палеонтологической стенки (автор В. Зориктуев) в зале древней природы Бурятии. На ней силуэтным методом в натуральную величину были представлены мамонт, шерстистый носорог, первобытный бизон и стоянка древнего человека.

Центральное место в экспозиции занимал макет озера Байкал. Научные данные по геологическому строению котловины озера были даны ведущим геоморфологом Бурятии Д.Д. Базаровым – к.г-м.н. ГИН БФ СО АН СССР. В результате получился макет иллюстрирующий рельеф дна и глубины озера, дающие ощутить величие и древность голубой жемчужины Сибири. На макете ясно можно увидеть цепь горных хребтов, окружающих озеро, водные артерии, острова, заливы, а также другие географические особенности озера и окружающего его рельефа.