Обычный посетитель, когда приходит в Музей природы Бурятии, видит только его выставки и экспонируемые предметы. Однако большая часть коллекций, скрытая от взора посетителя, хранится в фондах.

Фонды – это сердце музея, без которого невозможно его существование. Они включают в себя уникальные артефакты, помнившие историю, культуру, природу разных временных периодов. Фонды обычно подразделяют на основной и научно-вспомогательный.

Основной фонд естественнонаучных музеев включает в себя объекты природы, отражающие природные процессы и явления, а также памятники истории, культуры. К научно-вспомогательному фонду относят муляжи, копии, макеты и другие материалы вспомогательного характера.

В процессе создания экспозиции Музея природы и на протяжении всей его деятельности велась работа по комплектованию его фондов. Организовывались научные экспедиции по республике с целью сбора предметов, налаживались связи с музеями страны и соседними государствами для обмена опытом в музейной сфере и пополнения коллекций. Для обучения и повышения квалификации таксидермистов музеем приглашались специалисты этой области из Монголии и Австрии. Такая кропотливая работы принесла свои плоды и на сегодняшний день основной фонд составляет более 8000 предметов, а научно-вспомогательный – более 11000 предметов. Всё фондовое собрание делится на 7 групп хранения: «Зоология», «Палеонтология», «Геология», «Ботаника», «Фото, слайды, негативы», «Приборы и вещи», «Картины, схемы, книги». Все они продолжают изучаться научными сотрудниками, постоянно пополняются, используется при создании различных выставок, проведении музейных занятий.